《超级公务员》是一部职场异能漫画，讲述普通科员李平凡在整理档案室时，意外激活了国家级机密文件“超规事务处理权限”，成为直属国务院的“隐藏公务员”。他表面仍在街道办盖章，实则负责处理各类超自然民生事件——会说话的投诉信箱、深夜自动填写的审批表、能实现愿望的盖章机。李平凡用基层工作的智慧化解灵异危机，同时被神秘上级“处长”监视着每一步选择。
李平凡发现盖章机每次满足愿望，都会从许愿者身上抽取“情绪值”作为燃料。一名老人许愿复活爱犬，盖章机竟试图抽取其全部记忆。李平凡紧急拔掉电源，以“公章损坏”为由拒绝操作，保住了老人的回忆。
街道办投诉箱突然开口说话，每天午夜吐出匿名投诉信，内容全是未来三天将要发生的“违规事件”。李平凡利用信件提前解决问题，却被“处长”警告“过度干预因果”，首次被扣除绩效分。
李平凡潜入中央档案库，查阅“超规事务”历史记录，发现历代“超级公务员”要么疯掉要么失踪。他正震惊时，身后传来处长的声音——竟是他已退休的老主任。老主任微笑：“欢迎来到真实世界。”
全办公室的审批表在午夜自动填写完毕，且所有内容精准无误。李平凡追踪到电表箱里寄生着一团“表格精怪”，它声称自己只是“想帮忙”。李平凡给它办了“临时工编制”，要求它只在白天工作且不署名。
一栋待拆旧楼连续三夜发出哭声，施工队不敢动工。李平凡独自进入楼内，发现是一个老式暖气管道的“地缚灵”在抗议。他与它谈判，答应将管道整体迁入新楼，地缚灵欣然同意，拆迁顺利完成。
李平凡在整理1985年过期档案时，被一份文件割伤手指，血滴处浮现出“超规处理权限已激活”字样。当晚，一只乌鸦叼来处长批示：“明日去东街口处理一起自动贩卖机吃人事件。”他懵了。